Filozofický ústav vznikol v roku 1946 ešte v rámci Slovenskej akadémie vied a umení. V roku 1953 sa stal súčasťou Slovenskej akadémie vied. V roku 1975 bol zlúčený so Sociologickým ústavom pod názvom Ústav filozofie a sociológie SAV. V roku 1990, keď sa oba ústavy opäť osamostatnili, vrátil sa k svojmu pôvodnému názvu.

Filozofický ústav SAV sa zameriava na základný výskum v oblasti analytickej filozofie, environmentálnej filozofie, logiky a metodológie vied, sociálnej a politickej filozofie, fenomenológie, filozofickej antropológie a tiež dejín filozofického a politického myslenia na Slovensku. Výskum sa uskutočňuje na oddeleniach prostredníctvom riešenia grantových úloh.

Výskum a projektové zameranie Oddelenia analytickej filozofie sa koncentruje na logickú, epistemologickú, sémantickú a metafyzickú analýzu fikčného diskurzu na jednej strane, na hyperintenzionalitu a logiku zodpovednosti na strane druhej. Oblasti záujmu oddelenia preto zahŕňajú základný výskum v oblasti analytickej filozofie, ako aj praktické aplikácie. Oddelenie tak ponúka nasledujúce témy: problém uchopenia hyperintenzionálnych jazykových fenoménov, formálna analýza nemožných objektov, formálna analýza fikčného diskurzu a Transparentná Intenzionálna Logika, teoretický vývoj a aplikácia.

Oddelenie dejín slovenského filozofického a politického myslenia sa venuje výskumu filozofického a politického myslenia na Slovensku s dôrazom na jeho vývoj pred rokom 1918, ale aj na inovatívne prvky v druhej polovici 20. storočia. Pozornosť výskumu sa koncentruje na analýzu filozofických vplyvov v rámci procesov recepcie a apropriácie ideí v dejinách filozofického a politického myslenia na Slovensku v stredoeurópskej perspektíve. Súčasťou výskumu je konceptualizácia kľúčových otázok v rámci slovenského filozofického diskurzu aj s ich presahom do ostatných spoločenských oblastí. Pracovníci oddelenia sa zároveň zameriavajú na vybrané problémy v rámci dejín filozofie v bývalom Hornom Uhorsku a Československu. V centre ich pozornosti sú témy s akcentom na komparáciu maďarskej, slovenskej a českej filozofie a zmapovanie vývoja tzv. národných filozofií. Partikulárne analýzy jednotlivých filozoficko-politických, literárnych a intelektuálnych polemík sú vo výskumnej profilácii oddelenia rámcované procesmi kultúrnej modernizácie, inštitucionalizácie a demokratizácie, ktoré determinujú vývoj a charakter slovenskej filozofie v 20. storočí.

Oddelenie environmentálnej filozofie sa zameriava na filozofické skúmanie problémov spojených so vzťahom človeka a prírody, a na reflexiu príčin a sociálno-politických dôsledkov degradácie životného prostredia, znečistenia a klimatickej krízy. Sústreďuje sa na výskum otázok environmentálnej a klimatickej spravodlivosti, filozofických predpokladov a implikácií konceptov práva na priaznivé životné prostredie, práva na prírodné zdroje, práva na presídlenie, ako aj konceptov antropocénu, kapitalocénu, udržateľného ústupu, nulového alebo záporného rastu a ekologickej civilizácie. Skúma možnosti formulovania odpovedí na výzvy, ktorým čelí spoločnosť po prekročení environmentálnych limitov udržateľnosti z pozícií, ktoré naznačila politická ekológia, sociálna ekológia, kritický environmentalizmus a ďalšie súčasné smery environmentálneho myslenia..

Oddelenie výskumu normativity a ľudských práv sa zameriava na analýzu a výskum normativity, jej zdrojov, trvania, zmeny a druhov v oblastiach etiky, aplikovanej etiky; osobitne sa skúma problematika ľudských práv, povaha sociálnych a špeciálne konatívnych faktov. Analyzujú sa aj normatívne aspekty filozofie sociálneho poznania, a aplikovanie nástrojov logiky v práve. Na oddelení sa rieši aj problematika sociálnych kognícii so zreteľom na experimenty a ich epistemologicko-metodologický význam. Normativita a jej pojem je jednotiacim svorníkom, ktorý spája jednotlivé tematické zamerania, ktoré sú predmetom skúmania členov/členiek oddelenia.

Oddelenie sociálnej filozofie a filozofickej antropológie sa orientuje na reflexiu základných štruktúr spoločenskosti zo systematického hľadiska, na analýzu vzťahov spoločnosti a prírodných podmienok jej existencie, ako aj na reflexiu problémov človeka v diferencovanosti jeho sociálnych a kultúrnych určení, v jeho vzťahoch k bytiu, k iným a k sebe samému. Organickou súčasťou záujmu pracovníkov oddelenia sú problémy dejín filozofie.

Ústav venuje neustálu pozornosť vedeckej výchove. Doktorandské štúdium je jedným z nosných pilierov činnosti ústavu. Pretrváva stabilný záujem absolventov filozofie a politológie o túto formu štúdia. Pri realizácii doktorandského štúdia ústav úzko spolupracuje s Katedrou filozofie a dejín filozofie FiF UK v Bratislave a s Katedrou filozofie a dejín filozofie FiF UPJŠ v Košiciach.

Ústav rozvíja spoluprácu s domácimi, ale aj zahraničnými pracoviskami, napr. s Filozofickým ústavom AV ČR, s Institute of Philosophy and Sociology of Polish Academy of Sciences vo Varšave, Ramsey Centre for Science and Religion (IRC), Oxford (Veľká Británia), Institut für Philosophie, Universität Wien, Rakúsko, Université Paris 8, Centre for Ethics, Politics and Society of the University of Minho, Braga, Portugalsko, Faculty of Humatities and Social Sciences University of Szeged, Maďarsko, Bulharská akadémia vied v Sofii, Bulharsko.